可是，当我进入到DOS模式下启动Pqmagic时，程序并没有顺利地运行，而是出现了一个错误提示：“PartitionMagic无法在WindowsNT/Windows2000Server上运行”，点击确定之后程序自动退出了。这个问题是我所始料不及的，因为原先在公司的一台安装Windows2000的电脑上运行过Pqmagic，也没有出现过这种问题啊，但是我记得好像公司里安装的是Windows2000专业版，而我现在安装的却是Server版。从提示上看，的确是Pqmagic与Server版的Windows2000有不兼容现象，我初步判断可能是硬盘的引导与专业版略有不同，而造成了这种现象，于是我又用Windows98的启动盘引导至DOS下，再运行Pamagic，可是这次还是出现同样的错误提示。
既然和引导程序无关，那么可能就是Server版在C:盘根目录下的某一个文件的存在（我的Windows2000安装在F:盘），使得Pqmagic无法运行，于是我在备份了C：盘根目录下的所有文件以后，逐个删除C：盘中的一些与Windows2000有关的文件，最后终于发现，只要Boot.ini文件存在，Pqmagic就无法正常运行，只要我把Boot.ini文件改名后再运行Pqmagic，就完全没有问题了。
为了搞清楚这个问题，我在把硬盘上的Boot.ini文件备份以后，用公司电脑里的Windows2000专业版的Boot.ini文件覆盖了我的电脑中的同名文件，然后再又运行了Pqmagic，这次的确可以正常地运行，看来Pqmagic无法正常运行的原因就在于Boot.ini文件的内容，于是我对比了两个版本的Boot.ini文件,两者的不同点共有两处：即Windows2000的版本名称（“AdvancedServer”和“Professional”），我想Pqmagic会不会就是靠Boot.ini文件这一不同来判断Windows2000的版本，来决定是否运行，于是我把服务器版的Boot.ini文件中的“AdvancedServer”改成“Professional”，可是这次Pqmagic还是无法运行。最后发现专业版中的“=”的前后各有一个空格，而服务器版上却没有空格，于是我在服务器版的Boot.ini文件中加上了这两个空格，然后再运行Pqmagic，这次终于没再出现那个错误提示了。
为了再次验证这个结论，我又把Windows2000专业版删除，然后再安装Server版，并将Boot.ini文件按上面的方法做出修改，修改以后完全不影响Windows2000的运行，Pqmagic也可以正常的使用，看来这个问题就这样圆满地解决了。至于这个有趣的问题为什么为出现，我估计是微软公司为了区分专业版和服务器版的，故意留下的记号，而Pqmagic就利用这个记号来让自己不在服务器版下运行，这可能是为了保证Server版稳定运行的一个方法。