Windows XP支持FAT、FAT32和增强的NTFS等多种文件系统，在安装Windows XP时，用户可以做出选择是采用FAT32文件系统还NTFS文件系统，不选择NTFS的理由只有一个：那就是用户还需要用到一个不能读取NTFS分区的操作系统，如Win9x、MS-DOS等。
如果你想深切地体会Windows XP的全面功能，那么强烈推荐你采用NTFS文件系统，Windows XP采用了NTFS 5的文件系统，增强的NTFS文件系统可以为用户提供更新的增强功能。选择了NTFS文件系统之后，用户还可以对NTFS进行优化以提高系统性能。
1、簇的大小
根据NTFS卷要存储的文件的平均大小和类型来选择簇的大小，理想情况下，簇的大小要能整除文件大小(最接近的数值)，理想的簇的大小可以将I/O时间降到最低，并最大限度地利用磁盘空间。注意无论在任何情况下使用大于4KB的簇都会出现一些负面影响，比如不能使用NTFS的文件压缩功能及浪费的磁盘空间增大等。
有几种方法可以判断文件的平均大小，一种方法是从“开始”菜单，选择“运行”命令，输入cmd，然后回车进入命令提示符状态，在命令提示符下输入命令chkdsk，可以得到这个卷上的文件数和已经使用的磁盘空间，用文件数去除以已经使用的磁盘空间大小，就可以得到理想的簇的大小。
另一种方法是使用性能监视器，方法如下：从“开始”菜单中依次选择“设置”-->“控制面板”-->“管理工具”-->“性能”命令，然后根据追踪逻辑磁盘对象的平均磁盘字节/传输，使用这种方法可以得到更为精确的文件总和的大小和存储在这个卷上的数据类型。
2、由FAT转换而来的NTFS
从FAT转换到NTFS的卷将失去NTFS的一些性能优点，主文件表MFT可能出现碎片，而且不能在根卷上设置NTFS的文件访问权限。要检查主文件表MFT上是否有碎片，可以用下面的方法：
从“开始”菜单中，依次选择“程序”-->“附件”-->“系统工具”-->“磁盘碎片整理”，对一个驱动器进行分析，然后单击“查看报告”，将报告信息拖动到主文件MFT碎片部分，即可查看总的MFT碎片。
把一个FAT转换成NTFS后，簇的大小是512KB，增加了出现碎片的可能性，而且在整理碎片时需要花更多的时间，所以最好在最初的格式化时就选择NTFS文件系统。
3、碎片整理
即使上面所提到的主文件表MFT没有出现碎片，碎片整理也是必不可少的，当磁盘上出现碎片时，访问一个文件时就需要磁头做更多的运动，延长了读盘时间，极大地影响了系统性能，因此使磁盘上的碎片维持在一个较低的限度是提高NTFS卷的最重要因素，经常的运行碎片整理程序非常有必要。
4、压缩功能
NTFS的压缩功能可以对单个文件、整个文件夹或者NTFS卷上的整个目录树进行压缩，此举可以帮助我们节省一定的硬盘空间，但是使用压缩功能将会引起NTFS卷的性能下降，原因是每次访问被压缩的文件时，都需要对其进行解压，比如要拷贝一个压缩文件，其过程是：先解压缩，再进行拷贝，最后再进行压缩，大大地增加了CPU的运行时间。因此建议在硬盘空间足够大的情况下，尽量不要使用压缩功能。