2012-2013年度中国医疗机构最佳雇主大型调查历时3个月，共收集到2万余名丁香园会员的宝贵投票。本次调查问卷的设计和分析在麦肯锡公司的帮助下更加完善，相较2011-2012年的评选，不仅投票人数翻了一番，而且调查表达也进行了大幅的优化。比如调查模块扩展到医疗服务质量、薪酬福利待遇、个人晋级发展等六部分，而且指标也细化到了24个，权重亦由简单的算术平均升级为加权平均。
最终，依据有效调查样本达到30份或以上的原则，共有126家医院进入待选榜，所有待选医院均为三级甲等医院。这其中，有八家医院的综合评分进入到“很好”的评价区间。
最佳雇主综合排名前十强
在医生眼中，对自己最好的医院是那几家呢？根据综合排名表单，复旦大学附属中山医院蟾宫折桂，喜得头名。排在其后的依次是协和医院、解放军总医院、华中科大附属同济医院以及复旦大学附属华山医院。四川大学华西医院，吉林大学第一医院，第三军医大学附属第一医院，广东省中医院，第二军医大学附属长海医院依次进入综合排名前十名。
最佳雇主综合排名前十强
表注：2—未参与2011-2012年度最佳雇主评选
此外，根据综合得分，丁香园整理出排名前50的地区医院。需要再次强调的是，有效调查样本达到30份或以上的医院方可进入评选。
最佳雇主综合排名前50强
| 综合排名 | 医院 |
| 1 | 复旦大学附属中山医院 |
| 2 | 北京协和医院 |
| 3 | 中国人民解放军总医院 |
| 4 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 |
| 5 | 复旦大学附属华山医院 |
| 6 | 四川大学华西医院 |
| 7 | 吉林大学第一医院 |
| 8 | 第三军医大学第一附属医院 |
| 9 | 广东省中医院 |
| 10 | 上海市第二军医大学附属长海医院 |
| 11 | 北京大学第一医院 |
| 12 | 中国人民解放军第四军医大学西京医院 |
| 13 | 郑州大学第一附属医院 |
| 14 | 江苏省人民医院 |
| 15 | 山东大学齐鲁医院 |
| 16 | 中南大学湘雅二医院 |
| 17 | 重庆医科大学附属儿童医院 |
| 18 | 中南大学湘雅医院 |
| 19 | 十堰市太和医院 |
| 20 | 中国医科大学附属第一医院 |
| 21 | 华中科技大学同济医学院附属协和医院 |
| 22 | 温州医学院附属第二医院 |
| 23 | 重庆医科大学附属第一医院 |
| 24 | 中山大学附属第一医院 |
| 25 | 浙江大学医学院附属第一医院 |
| 26 | 北京大学人民医院 |
| 27 | 南京市鼓楼医院 |
| 28 | 福建医科大学附属协和医院 |
| 29 | 济宁医学院附属医院 |
| 30 | 新疆医科大学第一附属医院 |
| 31 | 上海市第二军医大学附属长征医院 |
| 32 | 上海交通大学附属新华医院 |
| 33 | 广西医科大学第一附属医院 |
| 34 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 |
| 35 | 浙江大学医学院附属第二医院 |
| 36 | 北京大学第三医院 |
| 37 | 山东省立医院 |
| 38 | 武汉大学人民医院 |
| 39 | 青岛大学医学院附属医院 |
| 40 | 南方医科大学南方医院 |
| 41 | 安徽省立医院 |
| 42 | 徐州医学院附属医院 |
| 43 | 哈尔滨医科大学附属第二医院 |
| 44 | 天津医科大学总医院 |
| 45 | 西安交通大学医学院第一附属医院 |
| 46 | 中山大学附属第三医院 |
| 47 | 安徽医科大学第一附属医院 |
| 48 | 大连医科大学附属第一医院 |
| 49 | 南昌大学第一附属医院 |
| 50 | 哈尔滨医科大学附属第一医院 |