空气净化器使用时，先要想好给谁用、在哪里用。一般优先考虑敏感人群，如老人、孩子、孕妇和呼吸系统疾病患者，放置在人们日常生活停留时间最长的卧室和起居室比较合适。
空气净化器的核心滤网受到机器大小的限制，不可能做得非常大。在总去除效率一定的情况下，分为几台小型净化器分别放置在适合面积的房间，要比用一台庞大的净化器同时处理若干房间效果更好。特别是，居室内由于多个房间的结构布局以及家具摆放等的影响，空气流动的模式比较复杂。还是让空气净化器的风机处理简单的空气流动效果比较好，否则有可能细颗粒物还没到达净化器进风口就不知随气流飘荡到哪里去了。如果只用一台大净化器，虽然机器附近的净化效果会比较好，但其他房间的效果可能就不太理想了。
空气净化器放置的位置以尽量靠近污染源为好，这样可以在近距离高效清除污染物，例如用于清除香烟烟雾的净化器可以离吸烟者近一些。但是空气净化器有较强的进风、出风，所以也不能太靠近人的头部位置，避免气流直吹面部。室外污染比较严重时，门窗附近的颗粒物浓度会比较高，可以将空气净化器放在这些地方。如果室内没有明确的污染源，那么最好将净化器摆放在尽量靠近房屋中间的位置，不要紧靠墙壁或家具。与墙壁之间保持足够的距离，可以减少产生紊乱的空气流而影响净化效果。
需要注意的是，空气净化器的净化能力是有限的。正常工作状态下，对于较为封闭的房间可以有比较明显的净化效果；如果房间密闭性不好，室外污染物不断渗入，净化效果就会大打折扣。就像使用空调时，敞开门窗同时开空调的效果，肯定比关门关窗的效果差得多。当然，如果室外空气质量很好，利用自然通风净化室内空气是最好的。
空气净化器使用时需要关注净化器的核心部件——滤芯、滤网。有效寿命到期要及时更换，否则达不到预期的净化效果。在滤芯上富集的细颗粒物是藏污纳垢的所在，不及时清除的话，难免会有二次污染的隐患。